Para quem ler, deixo aqui a resposta.
Não e possível instalar certificados somente em algumas maquinas, caso mude a função do speedr em L7 - Interceptação de bypass para intercept todas as conexões da porta 443 serão interceptadas e isso ira gerar erro em varias paginas https como facebook por exemplo, outras irão avisar que existe erro de certificado porem ainda irá carregar. Continuarei a testar e volto caso ache uma solução.

Uma solução paliativa e interessante. Deixei a função em L7 - Interceptação como intercept ou seja ele irá interceptar as conexões https que forem direcionadas a ele, porem quando vou fazer a regra no Mangle do Mikrotik para direcionar as conexões para speedr eu crio duas regras, para aqueles usuários que não tem o certificado instalado direciono apenas as portas 80,5060,8080,8777 e para o bloco de ips dos usuários que tem o certificado instalado e já aprendeu a trabalhar com o mesmo eu direciono as portas 80,443,5060,8080,8777 adicionando a porta 443. Assim eu acho que já podemos aumentar um pouco a economia do link. Abraços

Tiago muy bue a idea, me imagino que para saber los clientes que estan usando el sertificado lo vez en conexiones activas? o como lo haces?

Mas a maior parte e dispositivos movel , sera que funciona e incrivel mas hoje são poucos clientes que usa computadores ....

alem do problema de certificado alguns jogos do Smartphone não abre, teria alguma regra pra esses jogos.